MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Acidiphilium multivorum AIU301 plasmid pACMV5

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015180	CAGA	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	325168243
2	NC_015180	CGG	2	6	114	119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168243
3	NC_015180	GGC	2	6	153	158	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168243
4	NC_015180	GGC	2	6	165	170	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168243
5	NC_015180	CCGG	2	8	191	198	0 %	0 %	50 %	50 %	325168243
6	NC_015180	GTT	2	6	219	224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325168243
7	NC_015180	CCCAGG	2	12	233	244	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168243
8	NC_015180	CCGA	2	8	261	268	25 %	0 %	25 %	50 %	325168243
9	NC_015180	GCC	2	6	401	406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168243
10	NC_015180	TCG	2	6	425	430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168243
11	NC_015180	GAG	2	6	514	519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168243
12	NC_015180	CGG	2	6	535	540	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168243
13	NC_015180	CGA	2	6	542	547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168243
14	NC_015180	GCC	2	6	583	588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168243
15	NC_015180	CGA	2	6	675	680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168243
16	NC_015180	GAA	2	6	726	731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325168243
17	NC_015180	CGA	2	6	746	751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168243
18	NC_015180	AGG	2	6	761	766	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168243
19	NC_015180	CCA	2	6	816	821	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	325168243
20	NC_015180	CCGT	2	8	916	923	0 %	25 %	25 %	50 %	325168243
21	NC_015180	A	6	6	940	945	100 %	0 %	0 %	0 %	325168243
22	NC_015180	ATCG	2	8	953	960	25 %	25 %	25 %	25 %	325168243
23	NC_015180	CGAC	2	8	995	1002	25 %	0 %	25 %	50 %	325168243
24	NC_015180	GT	3	6	1009	1014	0 %	50 %	50 %	0 %	325168243
25	NC_015180	TCCC	2	8	1047	1054	0 %	25 %	0 %	75 %	325168243
26	NC_015180	GCCT	2	8	1132	1139	0 %	25 %	25 %	50 %	325168243
27	NC_015180	GCC	2	6	1159	1164	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168243
28	NC_015180	CG	3	6	1244	1249	0 %	0 %	50 %	50 %	325168243
29	NC_015180	CCG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168243
30	NC_015180	GAG	2	6	1598	1603	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168244
31	NC_015180	GCC	2	6	1633	1638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168244
32	NC_015180	CT	3	6	1651	1656	0 %	50 %	0 %	50 %	325168244
33	NC_015180	TTG	2	6	1663	1668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325168244
34	NC_015180	GCG	2	6	1707	1712	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168244
35	NC_015180	CGG	2	6	1713	1718	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168244
36	NC_015180	TTCCA	2	10	1721	1730	20 %	40 %	0 %	40 %	325168244
37	NC_015180	GGC	2	6	1908	1913	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168244
38	NC_015180	TGA	2	6	1946	1951	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168244
39	NC_015180	CCA	3	9	1960	1968	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	325168244
40	NC_015180	GACG	2	8	1974	1981	25 %	0 %	50 %	25 %	325168244
41	NC_015180	CG	3	6	1993	1998	0 %	0 %	50 %	50 %	325168244
42	NC_015180	TGC	2	6	2003	2008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168244
43	NC_015180	GCA	2	6	2097	2102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168244
44	NC_015180	GC	3	6	2118	2123	0 %	0 %	50 %	50 %	325168244
45	NC_015180	GGC	2	6	2139	2144	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168244
46	NC_015180	AACGC	2	10	2204	2213	40 %	0 %	20 %	40 %	325168245
47	NC_015180	CAG	2	6	2214	2219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168245
48	NC_015180	AGG	2	6	2345	2350	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168245
49	NC_015180	GCGG	2	8	2380	2387	0 %	0 %	75 %	25 %	325168245
50	NC_015180	CAA	2	6	2456	2461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325168245
51	NC_015180	TC	3	6	2809	2814	0 %	50 %	0 %	50 %	325168246
52	NC_015180	TTGGCT	2	12	2860	2871	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	325168246
53	NC_015180	GCTG	2	8	2906	2913	0 %	25 %	50 %	25 %	325168246
54	NC_015180	GCC	2	6	2933	2938	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168246
55	NC_015180	GAC	2	6	2969	2974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168246
56	NC_015180	CGA	2	6	3030	3035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168246
57	NC_015180	CAT	2	6	3138	3143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325168246
58	NC_015180	T	6	6	3377	3382	0 %	100 %	0 %	0 %	325168247
59	NC_015180	TGCAA	2	10	3399	3408	40 %	20 %	20 %	20 %	325168247
60	NC_015180	GCC	2	6	3426	3431	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168247
61	NC_015180	GCGGT	2	10	3439	3448	0 %	20 %	60 %	20 %	325168247
62	NC_015180	GGAGA	2	10	3505	3514	40 %	0 %	60 %	0 %	325168247
63	NC_015180	CG	3	6	3629	3634	0 %	0 %	50 %	50 %	325168248
64	NC_015180	GCG	2	6	3703	3708	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168248
65	NC_015180	GGC	2	6	3741	3746	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168248
66	NC_015180	GGC	2	6	3780	3785	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168248
67	NC_015180	TGC	2	6	3815	3820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168248
68	NC_015180	CGC	2	6	3881	3886	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168248
69	NC_015180	GTT	2	6	3901	3906	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325168248
70	NC_015180	CCG	2	6	3965	3970	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168249
71	NC_015180	CCG	2	6	3975	3980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168249
72	NC_015180	CGGG	3	12	3990	4001	0 %	0 %	75 %	25 %	325168249
73	NC_015180	CGG	2	6	4027	4032	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
74	NC_015180	GCC	2	6	4096	4101	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168249
75	NC_015180	GC	3	6	4116	4121	0 %	0 %	50 %	50 %	325168249
76	NC_015180	TG	3	6	4169	4174	0 %	50 %	50 %	0 %	325168249
77	NC_015180	GAT	2	6	4203	4208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168249
78	NC_015180	GGC	2	6	4214	4219	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
79	NC_015180	ATC	2	6	4279	4284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325168249
80	NC_015180	TGG	3	9	4285	4293	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325168249
81	NC_015180	CCG	2	6	4299	4304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168249
82	NC_015180	AGC	2	6	4309	4314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168249
83	NC_015180	TGGG	2	8	4354	4361	0 %	25 %	75 %	0 %	325168249
84	NC_015180	GGC	2	6	4463	4468	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
85	NC_015180	TTC	2	6	4473	4478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325168249
86	NC_015180	GGC	2	6	4505	4510	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
87	NC_015180	GCG	2	6	4587	4592	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
88	NC_015180	TGGC	2	8	4691	4698	0 %	25 %	50 %	25 %	325168249
89	NC_015180	GGC	2	6	4712	4717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
90	NC_015180	GTCC	2	8	4737	4744	0 %	25 %	25 %	50 %	325168249
91	NC_015180	GCGGG	2	10	4747	4756	0 %	0 %	80 %	20 %	325168249
92	NC_015180	GCGAG	2	10	4772	4781	20 %	0 %	60 %	20 %	325168249
93	NC_015180	TGA	2	6	4789	4794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168249
94	NC_015180	GCGA	2	8	4800	4807	25 %	0 %	50 %	25 %	325168249
95	NC_015180	CGAT	2	8	4815	4822	25 %	25 %	25 %	25 %	325168249
96	NC_015180	GACC	2	8	4838	4845	25 %	0 %	25 %	50 %	325168249
97	NC_015180	GCCG	2	8	4862	4869	0 %	0 %	50 %	50 %	325168249
98	NC_015180	GCG	2	6	4872	4877	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
99	NC_015180	GCCTG	2	10	4940	4949	0 %	20 %	40 %	40 %	325168249
100	NC_015180	TGT	2	6	4961	4966	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325168249
101	NC_015180	GC	3	6	4978	4983	0 %	0 %	50 %	50 %	325168249
102	NC_015180	GGGC	2	8	4984	4991	0 %	0 %	75 %	25 %	325168249
103	NC_015180	GCG	2	6	5049	5054	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
104	NC_015180	CGC	2	6	5060	5065	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168249
105	NC_015180	GATC	2	8	5105	5112	25 %	25 %	25 %	25 %	325168249
106	NC_015180	CGG	2	6	5169	5174	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
107	NC_015180	CCG	2	6	5214	5219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168249
108	NC_015180	AGC	2	6	5302	5307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168249
109	NC_015180	TGA	2	6	5335	5340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168249
110	NC_015180	AACC	2	8	5371	5378	50 %	0 %	0 %	50 %	325168249
111	NC_015180	GGC	2	6	5401	5406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
112	NC_015180	AGG	2	6	5458	5463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168249
113	NC_015180	GGC	2	6	5492	5497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
114	NC_015180	TCG	2	6	5522	5527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168249
115	NC_015180	GAC	2	6	5559	5564	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168249
116	NC_015180	CTG	2	6	5580	5585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168249
117	NC_015180	GGC	2	6	5588	5593	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168249
118	NC_015180	ATG	2	6	5718	5723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168249
119	NC_015180	GCAGT	2	10	5802	5811	20 %	20 %	40 %	20 %	325168249
120	NC_015180	GCA	2	6	5855	5860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168249
121	NC_015180	GATC	2	8	5993	6000	25 %	25 %	25 %	25 %	325168249
122	NC_015180	AATC	2	8	6220	6227	50 %	25 %	0 %	25 %	325168250
123	NC_015180	A	7	7	6241	6247	100 %	0 %	0 %	0 %	325168250
124	NC_015180	ACC	2	6	6400	6405	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	325168250
125	NC_015180	CAT	2	6	6433	6438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325168250
126	NC_015180	CTC	2	6	6439	6444	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	325168250
127	NC_015180	CGGC	2	8	6484	6491	0 %	0 %	50 %	50 %	325168250
128	NC_015180	CAT	2	6	6584	6589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325168251
129	NC_015180	TTC	2	6	6652	6657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325168251
130	NC_015180	CTC	2	6	6696	6701	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	325168251
131	NC_015180	GAC	2	6	6771	6776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168251
132	NC_015180	CGA	2	6	6817	6822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168251
133	NC_015180	CTT	2	6	6827	6832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325168251
134	NC_015180	CAC	2	6	6921	6926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	325168251
135	NC_015180	CGTC	2	8	6934	6941	0 %	25 %	25 %	50 %	325168251
136	NC_015180	GCC	2	6	6954	6959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168251
137	NC_015180	CAG	2	6	6978	6983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168251
138	NC_015180	GTC	2	6	7047	7052	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168251
139	NC_015180	GAT	2	6	7131	7136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168251
140	NC_015180	CGC	3	9	7155	7163	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168251
141	NC_015180	CTT	2	6	7185	7190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325168251
142	NC_015180	CGA	2	6	7250	7255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168251
143	NC_015180	GAG	2	6	7266	7271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168251
144	NC_015180	CCG	2	6	7327	7332	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168251
145	NC_015180	CGA	2	6	7337	7342	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168251
146	NC_015180	GGA	2	6	7371	7376	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168251
147	NC_015180	CGC	2	6	7425	7430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168251
148	NC_015180	ATG	2	6	7471	7476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168251
149	NC_015180	CGC	2	6	7482	7487	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168251
150	NC_015180	GAA	2	6	7710	7715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325168251
151	NC_015180	AAT	2	6	7779	7784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325168251
152	NC_015180	CCGC	2	8	7862	7869	0 %	0 %	25 %	75 %	325168251
153	NC_015180	GTT	2	6	7910	7915	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325168251
154	NC_015180	AGG	2	6	7921	7926	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168251
155	NC_015180	CCCT	2	8	7959	7966	0 %	25 %	0 %	75 %	325168252
156	NC_015180	AT	3	6	7977	7982	50 %	50 %	0 %	0 %	325168252
157	NC_015180	GCC	2	6	8005	8010	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168252
158	NC_015180	CCCG	2	8	8076	8083	0 %	0 %	25 %	75 %	325168252
159	NC_015180	ACC	2	6	8093	8098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	325168252
160	NC_015180	GAG	2	6	8174	8179	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	325168252
161	NC_015180	GCT	2	6	8181	8186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168252
162	NC_015180	CCA	2	6	8197	8202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	325168252
163	NC_015180	GGC	2	6	8215	8220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168252
164	NC_015180	CGT	2	6	8319	8324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168252
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166	NC_015180	GCTC	2	8	8359	8366	0 %	25 %	25 %	50 %	325168252
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169	NC_015180	CTT	2	6	8646	8651	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325168253
170	NC_015180	AGC	2	6	8738	8743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168253
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172	NC_015180	GCC	2	6	9015	9020	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168254
173	NC_015180	GCTG	2	8	9082	9089	0 %	25 %	50 %	25 %	325168254
174	NC_015180	CGC	2	6	9139	9144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168254
175	NC_015180	CGG	2	6	9190	9195	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325168254
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179	NC_015180	CTG	2	6	9619	9624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168255
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191	NC_015180	GTA	2	6	10456	10461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168256
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199	NC_015180	GACC	2	8	10697	10704	25 %	0 %	25 %	50 %	325168256
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218	NC_015180	GTCA	2	8	11619	11626	25 %	25 %	25 %	25 %	325168257
219	NC_015180	CGA	2	6	11629	11634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168257
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231	NC_015180	GC	3	6	12075	12080	0 %	0 %	50 %	50 %	325168258
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253	NC_015180	GTTG	2	8	13192	13199	0 %	50 %	50 %	0 %	325168259
254	NC_015180	TCAT	2	8	13224	13231	25 %	50 %	0 %	25 %	325168259
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261	NC_015180	TTC	2	6	13510	13515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325168260
262	NC_015180	TTC	2	6	13554	13559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325168260
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265	NC_015180	GTG	2	6	14077	14082	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325168261
266	NC_015180	TGG	2	6	14090	14095	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325168261

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.